mysql_query() är inte en del av PDO så DLL:erna du kontrollerar (som är PDO:s dll för MySQL-stöd) är inte den du bör kontrollera. Du vill kontrollera php_mysql.dll (.så på linux-servrar).
Men PDO är definitivt rätt sätt att komma åt MySQL. Det är mycket bättre än att använda mysql_query().
Läs mer här, på PHPs PDO-sida .