Eftersom du kör på Tomcat föreställer jag mig att det bästa sättet att komma åt databasen är att skriva en webbtjänst som hanterar kommunikationen mellan appen och servern.
Webbtjänsten kommer att skrivas i Java för att köras på TomCat med JSP.
Jag gissar att du försöker kommunicera direkt med MySQL-databasen (dvs kör SQL-kommandon direkt på databasen) men jag tror inte att du kan göra detta (även om jag aldrig försökt eller tittat på det), jag har alltid varit under intrycket att du behöver lite kod på servern för att sitta där emellan.