Du kan försöka göra UNIKT index med flera kolumner med kolumn_1, kolumn_2 och aktiv, och sedan ställa in active=NULL för de rader där unikhet inte krävs. Alternativt kan du använda triggers (se MySQL triggersyntax) och kontrollera för varje infogat/uppdaterad rad om sådana värden redan finns i tabellen - men jag tror att det skulle gå ganska långsamt.
