Jag har sett det här problemet när datafilen saknas i datakatalogen men tabelldefinitionsfilen finns eller vice versa. Om du använder innodb_file_per_table, kontrollera datakatalogen för att se till att du har både en .frm fil och .ibd-fil för tabellen i fråga. Om det är MYISAM bör det finnas en .frm , .MYI och en .MYD fil.
Problemet kan vanligtvis lösas genom att ta bort den föräldralösa filen manuellt.