Jag hade också samma problem tidigare. Allt hade hänt efter att ha flyttat databasfiler till en ny plats och efter att ha uppdaterat mysql-servern. Alla tabeller med InnoDB-motor försvann från min databas. Jag försökte återskapa dem, men mysql sa till mig 1146: Table 'xxx' doesn't exist hela tiden tills jag hade återskapat min databas och startat om mysql-tjänsten.
Jag tror att det finns ett behov av att läsa om InnoDB-tabellbinärer.