./configure kommandot är en del av kompileringsprocessen från källkoden.
Du kan antingen kompilera från källkod eller installera via pakethanteraren. Jag antar att i ditt fall är pakethanteraren att föredra.
Eftersom pakethanteraren klagar kan du inte ha båda php-mysql och php-mysqlnd installerat.
Så du kan
yum remove php-mysql
före
yum install php-mysqlnd
Kontrollera sedan för framgång via
php -m | grep mysqlnd
eller
php -i | grep mysqlnd