Problemet beror troligen på att socket-autentisering är aktiverad för root-användaren som standard när inget lösenord är inställt, under uppgraderingen till ubuntu 16.04.
Lösningen är att återgå till inbyggd lösenordsautentisering. Du kan göra detta genom att logga in på MySQL med socket-autentisering genom att göra:
sudo mysql -u root
När du är inloggad:
ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password';
som kommer att återgå till den ursprungliga (gamla standard) lösenordsautentiseringen.
Använd nu lösenord som lösenord när det krävs av MySQL.