Jag hade också samma problem med detta men på Windows efter att ha uppgraderat till MySQL 5.5 från MySQL 5.1. Jag har redan försökt ändra, skapa och återställa lösenord som nämns i här , här , här , och här , ingen aning. Jag får fortfarande samma felmeddelande:
ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Jag kan ansluta normalt, visa alla databaser, göra markeringar och infoga, skapa och lägga till användare, och men när det kommer till GRANT är jag skruvad. Dessa åtkomst nekad fel dyker upp igen.
Jag lyckades lösa detta problem genom att fixa privilegierna med följande kommando i MySQL-serverns bin/-katalog som nämns i här :
C:\MySQL Server 5.5\bin> mysql_upgrade
Sedan försvann problemet. Jag hoppas att denna lösning fungerar på Linux också eftersom MySQL vanligtvis tillhandahåller samma kommando både på Linux och Windows.