Jag hade ett liknande prestandaproblem med mysql och löste det genom att ställa in useServerPrepStmts och rewriteBatchedStatements egenskaper i anslutningsadressen.
Connection c = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://host:3306/db?useServerPrepStmts=false&rewriteBatchedStatements=true", "username", "password");