Flera uppdateringar i MySQL

Ja, det är möjligt - du kan använda INSERT ... PÅ DUPLIKATNYCKELUPPDATERING.

Med ditt exempel:

INSERT INTO table (id,Col1,Col2) VALUES (1,1,1),(2,2,3),(3,9,3),(4,10,12)
ON DUPLICATE KEY UPDATE Col1=VALUES(Col1),Col2=VALUES(Col2);