Du kan hitta här SQLAlchemy-dokumentationen som diskuterar detta. Oracle har ingen funktion för automatisk ökning och förlitar sig på sekvens för att efterlikna beteendet.
Så din id-kolumn bör se ut så här:
id_seq = Sequence('id_seq')
id = db.Column(db.Integer, id_seq,
server_default=id_seq.next_value(), primary_key=True)