Du har installerat en JRE och inte en JDK.
För att kompilera inbyggd JNI-kod måste du installera en JDK, som kommer med lämplig jni.h-header, samt de OS-specifika rubrikerna.
När du gör det uppdaterar du din inkluderingssökväg till
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux