Det visar sig att problemet inte var med WebSphere eller Oracle alls, utan vår konfiguration. Vi använder Spring AOP för transaktioner. Vi har också flera webbprojekt som vi slår samman innan de distribueras till WebSphere. Under sammanslagningen slutade vi med flera (9 för att vara exakt) applicationContext.xml-filer som konfigurerar AOP. För varje anrop till en metod som är insvept i en transaktion hade vi alltså 9 transaktioner skapade.
Så småningom nådde vi Oracles gräns för antalet globala transaktioner som kan delta i en enda transaktion och vi fick det här felet.
Ord till de kloka ... var försiktig med AOP-hanterade transaktioner :)