Slutligen "lös" problemet med att kompilera från källan postgis 2.2.2 (som också kräver gdal, proj4 och geos) och sedan utfärda
CREATE EXTENSION postgis;
CREATE EXTENSION postgis_topology;
eftersom DROP EXTENSION postgis;
berättar för mig att postgis inte var närvarande längre.
Och slutligen:
ALTER EXTENSION postgis UPDATE TO '2.2.2';
ALTER EXTENSION postgis_topology UPDATE TO '2.2.2';
Fick åter tillgång till mina geomdata och funktioner från PostgreSQL 9.4. Det verkar som att kompilering från källkod uppdaterade variabelsökvägen för postgresql korrekt och installerade /usr/lib/postgresql/9.4/lib/postgis-2.2.så den fanns inte längre (för postgis-2.1.so också), även med (om)installerar från apt-get.
Hoppas detta hjälper.