Är det möjligt att använda ett Array-objekt som en parameter i Spring Repository @Query-anteckning?

Använd en samling istället för en array (Set<String> ), och se till att den inte är tom (annars blir frågan ogiltig.

Det finns heller ingen anledning att använda en inbyggd fråga för det, och du bör inte ha parenteser runt parametern:

@Query("SELECT l1 FROM Location l1 WHERE l1.node.id IN :ids")
List<Location> findLocationsByNodeIds(@Param("ids") Set<String> ids);