Jag kunde lösa mitt problem genom att avinstallera och sedan installera om alla bibliotek (som ubuntu-paket), python-tolken, all kod, genom att generera om databasen (inklusive ominstallera postgis) och sedan genom att helt starta om nginx (och alltså gunicorn). Inga bibliotek uppdaterades dock, så jag förstår fortfarande inte vad som egentligen hände.
