Uppdatera poster som uppfyller ett villkor med ökande antal

Det är ett typiskt användningsfall för row_number() fönsterfunktion. Förutsatt att din huvudtabell är T, bör den här frågan fungera med postgresql 8.4 eller senare:

update T set local_id=s.rn 
from (select id,row_number() over(order by id) as rn from T where local_site_id=2) s
 where T.id=s.id;