Förmodligen ganska sent med svar men ska ändå försöka lägga upp det för någon annan som letar efter detta i framtiden. (Som jag var)
Det finns också en create_type kwarg för postgresql.ENUM . som används för att ställa in schemat för en kolumn av enumtyp i alembic-migreringsskriptet.
Så här ser min nya kolumndefinition ut. (Som använder en befintlig enum)
sa.Column('ActionType', postgresql.ENUM('Primary', 'Secondary', name='actiontype', create_type=False), nullable=True),
Detta kommer nu att använda den befintliga enumen för den nya kolumnen utan att skapa en ny.
Jag använder SQLAlchemy==1.1.1 och alembic==0.8.8 i min kravfil.