Tja, för varje rad i "grupper" gör postgresql en fullständig genomsökning av products_categories, vilket inte är bra. Inte nödvändigtvis ett konfigurationsproblem, men frågan kanske skulle kunna anges utan att kapsla underfrågor som det?
SELECT count(DISTINCT "groups".id) AS count_all
FROM "groups"
WHERE exists(
select 1 from products p where groups.id = p.group_id
join products_categories pc on pc.product_id = p.id
where pc.category_id in (2,3)
) and groups.id <> 3
Gör även products_categories
har ett index på product_id
?