Jag hade exakt samma problem med en postgres db och en Django-app som körs med docker-compose.
Det visar sig att Dockerfilen för min app använde en ingångspunkt där följande kommando kördes:python manage.py flush som rensar all data i databasen. Eftersom detta exekveras varje gång appbehållaren startar, rensar den all data. Det hade inget med docker-compose att göra.