Flask-Migrate läser inte i databasen för att se beroenden mellan objekten. Du kan uppnå en framgångsrik migrering genom att ändra ordningen på drop_table i din migreringsfil.
Vad du kan göra är att ändra migreringsfilen så här:
op.drop_table("parameter_subtype")
op.drop_table("parameter")
Och kör sedan uppgraderingskommandot. Normalt bör det lösa problemet om du beställer nedgången i denna ordning.