Det slutade med att jag löste det här var så här:
(ns myns.db
(:require [clojure.java.jdbc :as sql]
[clojure.java.io :refer [resource]]))
(defn db-conn [] ...)
(defn exec-sql-file
[file]
(sql/with-connection (db-conn)
(sql/do-prepared
(slurp (resource file)))))
...
; from your lein project where src/sql/some-statements.sql is the file you want to load
(exec-sql-file "sql/some-statements.sql")
Jag skulle vara intresserad av att höra hur andra har hanterat detta problem. Finns det ett bättre sätt?