Jag skulle inte förlita mig på standardvärden i databasen i samband med JPA. Du skulle behöva läsa entiteten tillbaka efter infogningen, annars har du en missmatchning mellan entitetstillståndet och db-tillståndet.
Välj det pragmatiska tillvägagångssättet här och initiera alla värden i java. Aldrig hört talas om ett sätt att säga åt JPA/Hibernate att utelämna nollvärden i en infogning/uppdatering.