Efter att ha läst SQLAlchemy-dokumenten och lite pillat med db-instansen fick jag äntligen lösningen. Lägg till db.get_engine(self.app).dispose()
i tearDown()
så att det ser ut som:
def tearDown(self):
db.session.remove()
db.drop_all()
db.get_engine(self.app).dispose()
self._ctx.pop()