Jag tror att du kan ställa in autocommit i Flask-SQLAlchemy gör detta:
from flask.ext.sqlalchemy import SQLAlchemy
db = SQLAlchemy(session_options={'autocommit': True})
Edit:"flask.ext." formuläret är nu avskrivet (se här )
from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy
db = SQLAlchemy(session_options={'autocommit': True})