Om du använder Postgres <9.4 kan du inte uppdatera JSON-fältet direkt. Du behöver flagga_modifierad funktion för att rapportera ändringen till SQLAlchemy:
from sqlalchemy.orm.attributes import flag_modified
model.data['key'] = 'New value'
flag_modified(model, "data")
session.add(model)
session.commit()