Din databas har förmodligen skapats med en annan plats.
Markera \l+ i psql på den gamla och nya versionen. De kommer att ha olika språkinställningar.
Andra möjligheter är olika operativsystem/versioner. PostgreSQL använder libcs språkregler, och vissa plattformar (särskilt Mac OS X) har lite av en ... speciell ... libc.
Den 9.1.9 med en en_AU.UTF-8 databas som körs på Fedora 19 får jag:
regress=> select lower('Æ');
lower
-------
æ
(1 row)