Ta en databasdump och versionskontrollera den istället. På så sätt är det en platt textfil.
Personligen föreslår jag att du behåller både en datadump och en schemadump. På så sätt med hjälp av diff blir det ganska enkelt att se vad som ändrades i schemat från revision till revision.
Om du gör stora ändringar bör du ha en sekundär databas som du gör de nya schemaändringarna till och inte röra den gamla eftersom du som du sa gör en gren.