Detta gjorde mig galen också. Jag märkte äntligen ett "varningsmeddelande" som säger "Kan inte generera distributionsplan på grund av ett internt fel". På grund av detta var båda knapparna Uppdatera och Generera skript inaktiverade.
Jag löste detta genom att stänga Visual Studio, navigera till mappen som innehåller databasprojektet och ta bort alla (*.dbmdl) filer . Jag startade sedan om Visual Studio, körde om jämförelseschemat och knappen Uppdatera aktiverades.