Intressant diskussion här :MSDN - Unmanaged kod i SQL CLR . Jag misstänker att det beror på hur DLL:erna laddas av motorn. De presenterar en rad alternativ inklusive att vara värd för koden utanför sql-servern i en annan tjänst och komma åt koden med WCF eller kanske COM. Det sista alternativet är att kanske kompilera om din kod till ren hanterad C++ men detta kanske inte är ett alternativ för äldre kod.
Förstå CLR-integrering i SQL Server 2005 presenterar mer information om hur processen fungerar.
Du bör också granska CLR Integration Security , och bestäm vilka förtroendenivåer som behövs för koden du kör och om du ändå kommer att kunna använda koden inom CLR-processen.