Jag löste det genom att lägga till raderna nedan i App.config:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
och detta i Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Eftersom den här processen tar mycket lång tid, mer än 10 minuter, upptäckte jag att jag måste skriva över det här värdet med ett högre.