Här är kommandot.
EXEC master.dbo.sp_serveroption @server=N'<SERVERNAME>', @optname=N'name', @optvalue=N'<NEWNAME>'
Ersätt 'SERVERNAME' med det aktuella namnet på den länkade servern. Ersätt 'NEWNAME' med det nya namnet du vill ge den länkade servern.