SQL Server FTS kommer att bli lättare att hantera för en liten distribution. Eftersom FTS är integrerat med DB, hanterar RDBMS uppdatering av index automatiskt. Nackdelen här är att du inte har en uppenbar skalningslösning än att replikera DB:s. Så om du inte behöver skala är SQL Server FTS förmodligen "säkrare". Politiskt kommer de flesta butiker att vara mer bekväma med en ren SQL Server-lösning.
På Lucene-sidan skulle jag föredra SOLR framför raka Lucene. Med endera lösningen måste du göra mer arbete själv med att uppdatera indexet när data ändras, samt mappa data själv till SOLR/Lucene-indexet. Fördelen är att du enkelt kan skala genom att lägga till ytterligare index. Du kan köra dessa index på mycket magra linux-servrar, vilket eliminerar vissa licenskostnader. Om du tar Lucene/SOLR-vägen, skulle jag sikta på att lägga ALLA data du behöver direkt i indexet, snarare än att sätta tillbaka pekare till DB i indexet. Du kan inkludera data i indexet som inte är sökbart, så att du till exempel kan ha förbyggd HTML eller XML lagrad i indexet och visa upp det som ett sökresultat. Med detta tillvägagångssätt kan din DB vara nere men du kan fortfarande visa sökresultat i ett frånkopplat läge.
Jag har aldrig sett en direkt jämförelse mellan SQL Server 2008 och Lucene, men skulle gärna se en.