Mitt antagande är att servern är en 64-bitars server, ja? Om så är fallet kommer agenten att köra SSIS i 64-bitarsläge och det orsakar inkompatibilitet med de körbara filerna.
I agentjobbet, på fliken Execution Options, kontrollera "Use 32 bit runtime" och det borde vara bra.
Frågan är taggad som 2008 men om jag minns rätt, 2005 SQL Agent-uppgifter av typen SQL Server Integration Services Package hade inte ett alternativ för att köras i 32-bitarsläge och som standard kördes allt i 64-bitarsläge. För att komma runt det behövde man köra ett OS-kommando och anropa 32-bitars dtexec.exe som troligen hittades i C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe