Om raderna verkligen är distinkta i varje kolumn kan du använda SELECT DISTINCT .
Eftersom du använder SQL Server kan du även använda row_number() för att returnera en rad för varje ThreatId :
select ThreatId,
ThreatTopClient,
...
from
(
select ThreatId,
ThreatTopClient,
...,
row_number() over(partition by ThreatId order by ThreatMLSeq) rn
from xThreatCA
where ThreatMLSeq <> N''
and ID <> 0
) d
where rn = 1
order by ThreatMLSeq