Jag har löst det här problemet genom att förkompilera ODBC Driver 17 för SQL Server på en maskin som kör Ubuntu 18.04 och kopiera libmsodbcsql-17.5.so.2.1 och msodbcsqlr17.rll filer till lämpliga kataloger via ett Heroku buildpack. Det här är ODBC Driver 17.5 för SQL Server och jag kommer förmodligen inte att kompilera andra versioner av den här drivrutinen, men jag antar att konceptet förblir detsamma.
Heroku buildpack och dess krav finns här https://github.com/matt-bertoncello/python-pyodbc-buildpack.git