Efter att jag hittade felloggen på Windows Server löste jag felet själv.
Jag fick detta fel i min logg:
[21-Apr-2017 07:12:14 UTC] PHP Warning: PHP Startup: Unable to load dynamic library '...\ext\php_pdo_sqlsrv_7_nts.dll' - %1 is not a valid Win32 application. in Unknown on line 0
Sedan laddade jag ner drivrutinen igen och installerade x64-drivrutinen. Äntligen fungerar det utan problem.