Detta kanske inte är det mest effektiva, men jag skulle skapa en temporär tabell för att hålla resultaten av den lagrade proc och sedan använda den i en join mot måltabellen. Till exempel:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t