Du har rätt, System.Data finns inte där (jag letade efter samma sak när jag först började bråka med WinRT). Du kommer inte att kunna referera till det heller. Om du vill prata med en SQL-databas kommer du att behöva använda något slags annat protokoll (WebService, SOAP, WCF, etc.).
Det finns portar för SQLite tillgängliga som verkar fungera vilket ger dig ett lokalt DB-alternativ men inte en serverbaserad utan att använda någon form av mellanhand för att komma till DB.
Som en sidoanteckning skulle jag personligen ha velat ha sett en stationär Metro-app som till exempel kunde ansluta till en SQL Express-databas, men den finns för närvarande inte i korten utan att hoppa genom bågar.