Hur kan jag ändra en primärnyckelbegränsning med SQL-syntax?

Ja. Det enda sättet skulle vara att släppa begränsningen med en Alter-tabell och sedan återskapa den.

ALTER TABLE <Table_Name>
DROP CONSTRAINT <constraint_name>

ALTER TABLE <Table_Name>
ADD CONSTRAINT <constraint_name> PRIMARY KEY (<Column1>,<Column2>)