Anledningen är att du inkluderar den högra tabellen i WHERE klausul. Du bör flytta det till ON skick för LEFT JOIN :
Select P.appId, S.stepId, S.section, P.start
From #appSteps S With (NoLock)
Left Join #appProgress P On S.stepId = P.stepId
And P.appId = 101
Where S.section Is Not Null
Anledningen till att den gör detta är att WHERE klausul utvärderas efter LEFT JOIN , som sedan filtrerar bort din NULL resultat från LEFT JOIN .
Inklusive den högra tabellen för en LEFT JOIN (eller den vänstra tabellen i en RIGHT JOIN ) i WHERE satsen omvandlar effektivt OUTER JOIN till en INNER JOIN .