Prova detta om du försöker köra en .sql-fil i SSMS:
:r C:\Scripts\Script1.sql
:r C:\Scripts\Script2.sql
:r C:\Scripts\Script3.sql
...
notera:för att detta ska köras, aktivera sql-kommandoläget (Query> SQLCMD-läge)
Om det här är skript du kör ganska ofta kan du överväga att släppa dem i en lagrad proc och köra dem på det sättet...
Du kan också göra det genom sqlcmd (vilket jag tror är vanligare):
sqlcmd -S serverName\instanceName -i C:\Scripts\Script1.sql